当協会はナットウキナーゼ、ビタミンK2(メナキノン-7)、納豆菌(Bacillus subtilis natto)など、納豆由来の機能物質の科学的情報と原料としての品質・安全性など、国民の健康上、必要・正確な情報をもって消費者への広報啓蒙、納豆以外の形状商品(いわゆる健康食品)の普及活動に努める。
また、研究会を設け新たな試験収集などを行い会員の事業の発展に寄与する。